Dua belas tahun sebelum cerita ini dimulai, Kyuubi (Nine-Tailed Fox Demon) menyerang desa Konoha (Hidden Village of Leaf) secara membabi buta. Diceritakan bahwa kibasan ekornya dapat menimbulkan Tsunami dan menghancurkan gunung. Dalam sekejap kekacauan terjadi dimana-mana dan banyak penduduk desa serta Shinobi yang terbunuh, sampai muncul Hokage Keempat (Yondaime - Namikaze Minato), yang bertarung mati-matian serta mengorbankan dirinya untuk menyegel setan itu dalam tubuh seorang bayi yang baru lahir, bayi itu adalah Uzumaki Naruto.
Hokage keempat selamanya akan dikenang sebagai seorang pahlawan yang berjasa besar. Sebelum Hokage keempat meninggal, dia berpesan supaya Naruto diperlakukan juga sebagai seorang pahlawan yang telah menyelamatkan desa, namun penduduk desa mengabaikannya dan menganggapnya sebagai seorang jelmaan setan serigala. Setelah Hokage keempat meninggal, Hokage ketiga (Sandaime - Sarutobi) mengambil alih pimpinan dan mengeluarkan larangan untuk membicarakan kejadian ini kepada orang lain, menceritakan kejadian ini kepada anak-anaknya dan juga kepada Naruto.
Sejak saat itulah Naruto tumbuh besar dalam kesendirian, tanpa teman, keluarga, dan tanpa pengakuan dari orang-orang sekitar. Tidak ada seorangpun yang memperhatikan dan memuji dia, jadi untuk menarik perhatian orang Naruto melakukan apa yang satu-satunya dia tau, bikin kekacauan. Akan tetapi, kelakukannya berubah setelah dia berhasil menyelamatkan Umino Iruka gurunya dari kematian dengan menggunakan Kage Bunshin No Jutsu (Shadow Clone Tecnique). Naruto belajar dua hal hari itu, bahwa Nine-tails disegel didalam dirinya dan kedua dia mendapatkan teman untuk pertama kalinya. Iruka memberi hadiah kelulusan dari Akademi Ninja dan resmi menjadi Genin (Lower Ninja). Kelulusannya membawa perubahan yang sangat besar dagi dirinya dan juga bagi banyak Shinobi yang lain. Dan kisah seru pun dimulai …
